Al 1990 l’ajuntament de Manacor va anomenar el seu primer director per donar-li un nou sentit
Ara fa 35 anys, al 1985, l’ajuntament de Manacor va adquirir la Torre dels Enagistes, un edifici gòtic de dues plantes edificat després de la conquesta catalana i situat als afores de la ciutat. Ho va fer conscient de la seva funció: convertir-se en la nova seu del Museu d’Història. Cinc anys després i tot seguit d’una intensa reforma per tornar l’immoble al seu esta primigeni, l’arqueòleg Josep Merino va començar a treballar-hi com a director. S’iniciava l’era moderna del museu Manacorí.
Encara que el començament d’acumulació de peces històriques relacionades amb el municipi va començar fa gairebé 95 anys, el 6 de juny de 1926. Mossèn Joan Aguiló, descobridor de la basílica paleocristiana de Son Peretó i del conegut mosaic dedicat a la màrtir Baleria, mor a 1924 i deixa escrit en el seu testament que la col·lecció arqueològica que havia anat recollint no havia de sortir mai de Manacor.
Malgrat això, encara hi va haver intents de compra per part de l’Ajuntament de Palma, el Bisbat o la Societat Arqueològica Lul·liana, davant la falta d’un espai municipal on posar-lo en valor. L’any 1926 el consistori manacorí es decideix i compra la col·lecció als seus hereus per 15.000 pessetes, amb la intenció d’obrir el seu primer museu municipal a la Torre de ses Puntes.
No obstant això la ubicació no té èxit en considerar-se incòmoda i la seva promoció complicada. L’Ajuntament decideix de nou intervenir. El 1931, amb l’arribada de la República, la Sala tem per les peces i les trasllada sense massa criteri al claustre del convent dels Dominics cap al 1933. És quan moltes peces d’Aguiló es perden pel camí i passen a mans privades.
Com explica l’actual directora de al Museu d’Història, Magdalena Salas, en un recent estudi per a les jornades d’estudis locals de Manacor, el canvi no és a millor. Durant sis anys les peces no són visibles i els valuosos mosaics són instal·lats en un dels corredors de la planta superior. D’aquí cap allà, qüestions administratives fan que de nou les peces hagin d’emigrar.
El 1951 l’Ajuntament compra una antiga acadèmia de dibuix i escola per a nines al costat de l’església dels Dolors. Malgrat ser gairebé un magatzem en qüestions d’espai, el seu nom, Museu Arqueològic, i el fet de tenir la fàbrica de Perles Manacor just a l’altre costat de la plaça de Palau, fa que els turistes aprofitin la baixada de l’autobús per realitzar les dues visites, recorda Antoni Ferrer, director de la xarxa de biblioteques municipals. Les peces, compostes en vitrines, no segueixen una ordenació cronològica ni històrica clara; tampoc els criteris de conservació són ideals. Se sap que el 1967 pel museu local van passar uns 500 visitants.
Anys més tard i després d’uns anys dubitatius i ja a la Torre del Enagistes, al 1990 el consistori decideix apostar definitivament pel museu, promociona les visites (sobretot escolars) crea sales d’exposició permanent sobre la Prehistòria, l’epoca romana, ceràmica islàmica o una altra dedicada enterament a la joia de la corona: el gran mosaic de Balèria i la resta de vestigis de Son Peretó.